6 listopada 1939 roku rozpoczęła się akcja wymierzona w środowisko krakowskich uczonych, znana jako Sonderaktion Krakau. Operację tę przeprowadziła Einsatzgruppe I, jednostka specjalna SS odpowiedzialna za działania represyjne na obszarze okupowanej Polski. W Collegium Novum Uniwersytetu Jagiellońskiego zwołano tego dnia ogólne zebranie wykładowców. W jego trakcie oskarżono uczonych o samowolne rozpoczęcie roku akademickiego oraz o wrogość do niemieckiej nauki.
Podczas zebrania zapowiedziano wywiezienie zebranych uczonych do obozu koncentracyjnego. Aresztowano tego dnia 183 osoby, w tym profesorów, pracowników naukowych i studentów, zarówno z Uniwersytetu Jagiellońskiego, jak i innych krakowskich uczelni, takich jak Akademia Górnicza, Akademia Handlowa i inne. Początkowo zatrzymanych przetrzymywano w aresztach w Krakowie. Pod koniec listopada 1939 roku większość zatrzymanych uczonych została przeniesiona do obozu koncentracyjnego w Sachsenhausen, położonego w Niemczech. W międzyczasie, 11 osób zwolniono. Pobyt w obozie był okrutny i prowadził do pogorszenia zdrowia szczególnie starszych zatrzymanych naukowców. W wyniku złych warunków zmarł profesor Antoni Meyer, a kolejną ofiarą stał się Stanisław Estreicher, były rektor Uniwersytetu Jagiellońskiego. Zatrzymanie i wywiezienie grona krakowskich uczonych wywołało protesty na całym świecie. W ich wyniku część uwięzionych została zwolniona w lutym 1940 roku, ale pozostałych przeniesiono do innych niemieckich obozów, w tym do Dachau, gdzie spędzili kolejne półtora roku.
Łącznie w wyniku Sonderaktion Krakau śmierć poniosło 20 krakowskich uczonych. Niektórzy zmarli w wyniku wycieńczenia już po zwolnieniu z obozu, a inni, tacy jak profesorowie Leon Sternbach i Joachim Mettalman, którzy mieli żydowskie pochodzenie, zostali zamordowani przez nazistów. To tragiczne wydarzenie jest jednym z wielu przykładów represji wobec polskiej inteligencji i kultury podczas II wojny światowej.